Fin dall'alto medioevo gli eremiti Santi Jacopo e Verano alla Costa d'acqua e Sant'Alessandro vivevano all'ombra di quei boschi nelle spelonche delle pendici verrucane. La santità di questi romiti ebbe così vasta risonanza che si possa presumere che Bernardo da Chiaravalle abbia tradizionalmente visitato quei luoghi, durante il suo soggiorno a Pisa per il Sinodo del 1135. Nel medioevo la vita civica dei calcesani era organizzata in una istituzione comunale composta di sei consoli, rappresentanti delegati di altre comunità sparse nel territorio calcesano, che dal monte si spingeva fino alla sponda destra dell'Arno. La vita gravitava intorno alle chiese di S. Maria a Willarada, chiesa madre non più esistente, e di S. Andrea a Lama.

I boschi dei suoi monti erano protetti da leggi molto severe e davano legname ai cantieri navali della Repubblica Pisana

La grande Pieve Romanica fu costruita all'epoca del Vescovo Dalberto, fra il 1080 ed il 1111, anno in cui vi fu deposto il corpo del Santo Patrono Ermolao Martire. Calci si trovò spesso coinvolto, con la sua Fortezza Verrucana, nelle sanguinose, alterne vicende della lunga guerra tra Firenze e Pisa. Fedelissimo alla Repubblica, con Pisa cadde all'inizio del XVI secolo sotto il dominio fiorentino e, nella sconfitta, per punizione non gli venne riconosciuto il diritto all'autonomia comunale e venne aggregato alla comunità di Vicopisano. Dopo oltre due secoli Calci fu distaccato da Vicopisano e riunito a Pisa finchè, nel 1867, i calcesani chiesero ed ottennero dal governo di Vittorio Emanuele I la separazione dalla comunità di Pisa e la possibilità di erigersi in comune autonomo.